Η Κερκίνη προστατεύεται από τη σύμβαση Ραμσάρ και αποτελεί περιοχή του Ευρωπαϊκού Δικτύου «Φύση 2000» ή «Natura 2000». Στην περιοχή της Κερκίνης συναντούμε πολλά είδη θηλαστικών όπως το τσακάλι, το λύκο, την αγριόγατα, τη βίδρα, τη νυφίτσα, το ζαρκάδι, το λαγό, το αγριογούρουνο κ.λ.π. Υπάρχουν 10 είδη αμφίβιων και περίπου 20 είδη ερπετών. Η ιχθυοπανίδα είναι επίσης πλούσια αφού υπάρχουν 30 είδη ψαριών με κυριότερα τα χέλια και τα γριβάδια. Στην περιοχή γύρω από τη λίμνη έχουν καταγραφεί περίπου 300 είδη πουλιών. Ο αργυροπελεκάνος και η λαγγόνα που ζουν εκεί είναι μοναδικά στον κόσμο είδη, απειλούμενα με εξαφάνιση. Υπάρχουν και πολλά σπάνια αρπακτικά όπως ο χρυσαετός, ο βασιλαετός, ο πετρίτης, ενώ η περιοχή αποτελεί μοναδικό πεδίο έρευνας σχετικά με τους υγρότοπους και τη διαχείριση τους.
πηγη

{gallery}vouna/vouna/1-kerkini{/gallery}